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万太郎の家には借金取りが来ていた。家の前に赤い旗が出たときは、その合図だった。波多野と藤丸は蒸し風呂ような部屋で出られなくなってしまう。

万太郎は広告を掲載することにする。植物の名前が分からない人から、たくさんの標本が届くようになった。

秀吉は信長の跡目を狙っていた。信雄は安土城を追い出される。家康は市の仇を討つため、負けられない戦を仕掛けようとしていた。

万太郎は佐川で小さな植物を見つける。ドイツの書籍を調べるが名前はなかった。植物分類学上の大発見になる。万太郎はヤッコソウと名付けた。

田邊と聡子のことが新聞に載った。心配した寿恵子は家に向かった。聡子は子どもたちと震えていた。そこへ、田邊が帰宅して会ってしまう。

綾と竹雄は『峰屋』のことで挨拶に来る。万太郎は大学を追われて、ひとりで研究をする道を選んだ。新しい道は険しくても繋がりが消えるわけではない。

寿恵子は第二子を生む。万太郎と寿恵子は悲しみを乗り越えようとしていた。そんな時、マキシモビッチ博士からの手紙を受け取る。

園子は、はしかで亡くなってしまう。寿恵子は悲しみの中にいた。母・まつが食事を作るが食べようとしなかった。園ちゃん、寿恵子は家を飛び出した。

信長を失った家臣たちは、後目のことで話し合いをする。光秀を討ち取った秀吉はまとめようとしていた。勝家は市と一緒になることで織田家を守ろうとした。

峰屋は暖簾を下ろすことになる。税金を支払うため竹雄は金を借りに行く。同じ頃、寿恵子は園子を失い悲しみの中にいた。ただただ自分を責めていた。

峰屋は新しい酒造りに挑戦していた。そんなある日、火落ち菌を出してしまう。綾と竹雄は、酒蔵を廃業する危機に陥る。

万太郎は博物館に向かった。ここで研究をさせて欲しい。しかし、博物館と大学は協力関係にある。里中は申し出を断った。

万太郎は論文を書き直した。しかし、田邊の気持ちは変わらなかった。大学へ出入り禁止なることで研究は続けられなくなる。万太郎は途方に暮れる。

万太郎の植物学雑誌は、田邊の逆鱗に触れてしまう。万太郎の研究は大学あってのもの。しかし、論文には田邊の名前がなかった。

信長が討たれ家康は命を狙われる。半蔵は伊賀を超える道を探った。ところが、甲賀衆たちは別の道を勧める。家康は半蔵を信じることを決めた。

万太郎はムジナモを描いた『日本植物図譜』の第3集を完成させた。田邊の名前をのせなかったことで怒りをかってしまう。

池で見つけた植物はムジナモだった。田邊は論文を書くように言った。万太郎は嬉しそうにムジナモを眺めていると花が咲いているのを見つける。

万太郎が十徳長屋に来てから、みんながよく笑うようになった。たとえ悪いことが起こっても、その先できっとまた笑える。ゆうは人との出会いに感謝していた。

万太郎は綾に手紙を送っていた。新しい酒が作りたい、綾は『峰屋』の未来を描いていた。万太郎は園子の夜泣きさえ愛おしいと思っていた。

万太郎は園子の絵を描いた。藤丸や波多野は目を細めて見つめる。植物採集に出かけた先では不思議な植物を見つけた。藤丸は真っ直ぐな気持ちを取り戻した。