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万太郎と竹雄は十徳長屋に住むことになった。長屋にはドクダミが咲いていた。万太郎は新しい出会いを楽しみにしていた。

万太郎は標本を燃やそうとした男を見つける。値打ちがあるものだから、お金を払って取り返そうとする。そんな時、倉木の息子が熱を出してしまう。

万太郎と竹雄は下宿先を探していた。なかなか見つからなくて困っているところ神社が見える。2人は神様にお願いすることにする。

万太郎と竹雄の新しい生活が始まった。植物への情熱を持ち、親友・祐一郎と再会する。しかし、下宿先は狭く標本を置けないことになった。

竹雄は9歳の時に万太郎の面倒を見るように言われた。その時からずっと一緒だった。これからは自由になっていい。竹雄は万太郎と一緒にいる未来を選択した。

植物の名づけ親になりたい！万太郎は峰屋を出る覚悟を決めた。秋になって酒造りが始まった。峰屋の跡継ぎは綾になることに従業員はざわつく。

万太郎は祖母・タキのお陰で釈放される。家に戻る途中で珍しい花を見つける。その花はキツネノカミソリという、タキは花の名前を知っていた。

万太郎の逮捕は、祖母・タキも知ることになる。警察に向かったタキは、孫を能無し呼ばわりされてたことに怒ってしまう。

万太郎は植物学のために生まれた。綾は峰屋のために生まれた。2人は、お互いの夢を追うことを決めた。早川のところで演説をしていると警察が来てしまう。

ジョン万次郎はアメリカの話をする。万太郎は植物に夢中になったことを思い出す。後悔しないように生きた方がいい、万次郎が教えてくれた。

万太郎は、自由を求めてアメリカに渡った男・ジョン万次郎に会う。日本を変えようとした男は、自由を憎んだこともあった。

万太郎と竹雄は、綾を探していた。やっと見つけた綾は、自由を叫ぶ演説会に参加していた。自由とは何か？万太郎は、自分にとっての自由を考える。

万太郎と綾は、祖母・タキに呼ばれる。本当の姉弟ではなかった。おまんら夫婦になれ、その言葉を受け止めることはできなかった。

万太郎の夢のような時間は終わった。これからは家業を継ぐため植物の研究をやめると言い出す。竹雄は万太郎を責めたことを思い出していた。

万太郎は、植物の研究をするため顕微鏡を買ってもらう。『峰屋』の当主としての自覚が足りない、竹雄は怒りだしてしまう。

万太郎は憧れの人に会う。野田は植物の標本を集めていた。里中は不思議な形のサボテンを持っていた。夢中になっている姿を竹雄が遊びと叱責する。

万太郎は博覧会に参加するため東京に向かう。蔵元たちに下戸なのに酒を飲まされてしまう。初めての酒に酔っぱらって木に登ってしまう。

博覧会に『峰屋』の酒を出す。それを知った綾は、どうしても新しい酒が作りたくなった。幸吉と一緒に挑戦することにする。

峰屋では蔵入りの儀式を行っていた。万太郎は植物に夢中になっていた。遅れて参加したことで、従業員たちは呆れていた。

万太郎は学ことに夢中になった。峰屋の当主として育てなければならない、祖母・タキは『名教館』をやめさせようとする。