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信長を失った家臣たちは、後目のことで話し合いをする。光秀を討ち取った秀吉はまとめようとしていた。勝家は市と一緒になることで織田家を守ろうとした。

峰屋は暖簾を下ろすことになる。税金を支払うため竹雄は金を借りに行く。同じ頃、寿恵子は園子を失い悲しみの中にいた。ただただ自分を責めていた。

峰屋は新しい酒造りに挑戦していた。そんなある日、火落ち菌を出してしまう。綾と竹雄は、酒蔵を廃業する危機に陥る。

万太郎は博物館に向かった。ここで研究をさせて欲しい。しかし、博物館と大学は協力関係にある。里中は申し出を断った。

万太郎は論文を書き直した。しかし、田邊の気持ちは変わらなかった。大学へ出入り禁止なることで研究は続けられなくなる。万太郎は途方に暮れる。

万太郎の植物学雑誌は、田邊の逆鱗に触れてしまう。万太郎の研究は大学あってのもの。しかし、論文には田邊の名前がなかった。

信長が討たれ家康は命を狙われる。半蔵は伊賀を超える道を探った。ところが、甲賀衆たちは別の道を勧める。家康は半蔵を信じることを決めた。

万太郎はムジナモを描いた『日本植物図譜』の第3集を完成させた。田邊の名前をのせなかったことで怒りをかってしまう。

池で見つけた植物はムジナモだった。田邊は論文を書くように言った。万太郎は嬉しそうにムジナモを眺めていると花が咲いているのを見つける。

万太郎が十徳長屋に来てから、みんながよく笑うようになった。たとえ悪いことが起こっても、その先できっとまた笑える。ゆうは人との出会いに感謝していた。

万太郎は綾に手紙を送っていた。新しい酒が作りたい、綾は『峰屋』の未来を描いていた。万太郎は園子の夜泣きさえ愛おしいと思っていた。

万太郎は園子の絵を描いた。藤丸や波多野は目を細めて見つめる。植物採集に出かけた先では不思議な植物を見つけた。藤丸は真っ直ぐな気持ちを取り戻した。

京で信長を討つ、家康の想いは強かった。武器を調達するため堺に向かう。堺では信長の妹・市と再会した。家康は信長の気持ちを知ることになってしまう。

万太郎は植物採集に出かけていた。寿恵子への手紙には、子どもの名前が記されていた。ススキが咲くころ、寿恵子は陣痛を起こした。

万太郎は学者として植物画を描いている。田邊教授は野宮にも同じものを求めた。悩んだ野宮は、顕微鏡の見方を教えてもらうことにする。

藤丸は大学を休むことにする。万太郎と一緒に植物採集をしながら、自分の見つける。『日本植物志図譜』の見事な絵、田邊は見入っていた。

カルヤキが食べたい。寿恵子はつわりになって食事が取れなかった。万太郎はカルヤキを作ろうとする。そこへ藤丸が来てジャガイモの揚げ物を作ってくれた。

伊藤孝光のトガクシソウ発表は、田邊を追い詰めるものだった。研究しても全てがムダになる。藤丸は植物学への迷いを感じていた。

瀬名と信康の死、その悲しみは復讐へと傾いた。本能寺で信長を斬る。家康は安土城に招かれて、饗応役の光秀に目を付けた。

万太郎は新種・ヤマトグサを発表した。雑誌には大窪と万太郎の名前が載った。寿恵子は印刷の手伝いをするが、体に違和感を感じていた。